同治二年（公元1863年）正月初一，朝廷免行朝贺之礼，张之万被正式授任河南巡抚。初四，朝廷给予在绍兴阵亡的洋将勒伯勒东优厚抚恤。初七，皇帝下诏，命曾国藩、都兴阿等人举荐能够胜任水师总兵一职的人选。匪军攻陷武邑，不过官军很快将其收复，广西官军收复莲塘。十一日，太平军攻陷兴安府及其下辖的镇城。陕西回民匪军窜至鄠县，应瑛棨的请求，朝廷留下马德昭负责省城防务。十九日，鲍超等将领率领的军队收复青阳。二十一日，朝廷命李桓前往陕西，接办汉南军务。二十三日，瞻对部落首领纠集德尔格忒土司，侵扰巴塘、里塘。二十四日，畿南地区的窜匪被平定。二十七日，因凤翔已被困守长达半年之久，皇帝下诏斥责瑛棨办事不力，催促雷正绾迅速率军救援，解除凤翔之围。
二月初一，左宗棠的军队收复金华、汤溪、龙游、兰溪。初二，根据李鸿章的建议，皇帝谕令两湖地区用漕粮折款购买大米运往京城，并免除相关赋税。初四，李秀成等人率部渡江北犯，遭到官军迎击，大败而归。四川官军围剿石达开，同样取得胜利。贵州回民匪军攻陷安南、兴义。初五，吉林官军在兴凯湖击败朝阳流窜的匪军，皇帝谕令严防匪军逃窜至俄国境内。多隆阿围剿回民匪军大获全胜，攻克羌白镇等贼巢。初六，陕西团练武装收复兴安。太平军窜至汉阴、紫阳。李世忠请求革除自己的官职，为胜保赎罪，朝廷没有应允。太平军窜扰并攻陷褒城，但很快又被官军夺回。初七，官军收复永康、武义。初九，谭廷襄前往东昌剿匪。十一日，左宗棠将军队移驻兰溪，东阳、义乌、浦江的贼军见状纷纷逃窜。十三日，僧格林沁的军队攻克雉河集贼巢，捻军首领张洛行被处死。朝廷下旨嘉奖僧格林沁，并准许其亲王爵位世袭罔替，同时免除蒙城、亳州等地两年的钱粮漕赋。十四日，宁夏平罗的回民匪军投降。十五日，朝廷任命庆昀为宁夏将军。十七日，畿南匪首张锡珠窜至大名，皇帝严厉斥责崇厚办事失机，催促刘长佑尽快赶赴直隶。冯子材在镇江击败贼军。十九日，左宗棠的军队收复绍兴、桐庐。二十日，满庆等人率军围剿瞻对叛乱的匪军。黄国瑞的军队攻克郯城县长城匪巢。因追击贼军迟缓，崇厚被革职，但仍留任原职。东部匪军窜至曲周、平乡。二十四日，皇帝谕令恩麟等人，对于甘肃回民匪军不可轻易谈抚。二十六日，朝廷批准平瑞的奏请，开垦乌鲁木齐等地闲置的荒马厂，将开垦土地升科纳税以补充军饷，并把屯田分配给屯兵。二十七日，太平军攻陷江浦。广东匪军占据信宜，昆寿率军围剿。二十八日，浙东地区匪患肃清，朝廷免除新收复各府州县两年的钱粮漕赋。二十九日，皇帝催促阎敬铭前往东昌办理军务。回民匪首马化龙纠集党羽包围灵州，不久后又前往固原投降。石达开从云南窜至叙永。三十日，皇帝下诏，要求各地封疆大吏谨慎选拔州牧县令，减轻赋税徭役，废除繁杂苛刻的政令，让百姓得以休养生息。当月，朝廷免除青神因兵乱受扰两年以来拖欠的赋税。
三月初二，朝廷重申禁止河南提前征收钱粮。初五，朝廷命崇厚返回三口通商大臣任上。初六，朝廷命刘长佑节制直隶各路军队。皇帝谕令沈葆桢在处理外交事务时要秉持公平原则，避免引发绅士、百姓与外国人的冲突。初七，皇帝谕令曾国藩统筹规划江北军务。初九，陕南太平军攻陷紫阳，旋即被官军收复。云南迤西叛乱的匪军进犯昆明，潘铎不幸遇害，朝廷任命贾洪诏为云南巡抚。初十，李鸿章的军队攻克福山口。朝廷命英国将领戈登约束管理常胜军。十一日，捻军攻陷麻城，十二日，逼近武昌城。朝廷饬令湖北、河南联合军队进行攻剿。十三日，朝廷免除浙江西安两年的钱粮赋税。十四日，丹麦派遣使者拉斯那弗前来商议订立通商条约。洋将达耳第福在战斗中阵亡，朝廷给予优厚抚恤。回民匪军包围平凉。因甘肃剿匪行动拖延迟缓，代理提督定安被革职，并逮捕审讯。十八日，耆龄升任福州将军。朝廷任命左宗棠为闽浙总督，节制福建、浙江两省军务；任命曾国荃为浙江巡抚，仍统领军队谋划收复金陵，左宗棠兼任浙江巡抚一职。朝廷停止福建本年的例行进贡。十九日，朝廷命王大臣重新审核胜保的罪行。宁国的太平军窜至东流、建德。朝廷批准将秦朝大儒毛亨、明朝大儒吕枬列入文庙从祀。二十日，蒙城捻军首领贾文彬被处死。陕南太平军攻陷沔县。贵州总兵罗孝连的军队收复定番、长寨、独山、荔波。二十一日，曾国藩因江浦等城失守被降级，李世忠被革除帮办职务。朝廷正式任命吴棠为漕运总督，仍节制江北军务，并谕令妥善安抚江北地区的难民。二十三日，皇帝寿辰，朝廷停止接受朝贺。二十四日，苗沛霖再次反叛。官文等人截击围剿窜至蕲州的贼军。二十七日，徐之铭被革职逮捕审讯，朝廷赐予潘铎世袭官职。因降雨稀少，皇帝下诏清理积压案件。二十八日，朝廷命福济、景纹查办西藏发生冲突的事件。二十九日，李鸿章的军队收复太仓。隆德发生回民动乱，黄国瑞的军队平定沂州的棍匪。三十日，皇帝下诏，要求查明并抚恤在陕甘地区殉难、被害的良善回民，不久后又下诏，命云南也照此办理。当月，皇帝接连前往大高殿祈雨。
夏四月初二，御史吴台寿因上疏奏章偏袒胜保，被革除官职。苗沛霖攻陷怀远，山东匪首刘得培占据淄川。初三，官军围剿畿南匪军，张锡珠等人逃窜至高唐，不久后被处死。初四，太平军、捻军窜扰庐江、桐城、舒城及黄州一带。皇帝谕令曾国藩驻守安庆，不可撤去对金陵的包围。初六，多隆阿的军队攻克孝义匪巢，朝廷饬令刘蓉统领军队支援陕西。朝廷免除浙江曾被贼军攻陷地区的额粮。初八，苗沛霖包围寿州、六安，皇帝催促僧格林沁前往讨伐。太平军占据太平、石埭，左宗棠、沈葆桢联合布防。多隆阿的军队攻克仓头匪巢，陕东地区匪患肃清。苗沛霖攻陷颍上，进犯蒙城。朝廷命刘长佑督办直隶、山东、河南交界地区的剿匪事务。初九，刘典的军队收复黟县。朝廷命侍郎薛焕在总理各国事务衙门任职。十二日，朝廷批准英桂返回太原驻守。十四日，刘长佑奏报匪首杨明岭等人投降。甘肃回民匪军攻陷盐茶，进犯静宁，马德昭赶赴庆阳进剿。十六日，江西官军在祁门击败贼军，逆贼首领胡鼎文被处死。十七日，李续宜请求辞去代理职务，朝廷批准，任命唐训方为安徽巡抚。李鸿章派遣程学启等将领率军逼近昆山。泾州官军与回民匪军交战，取得胜利。十八日，礼部议定先贤、先儒在祀典中的位次，并颁布至各省执行。十九日，朝廷开垦直隶新城一带的稻田。阎敬铭前往淄川督率剿匪。捻军回窜河南，总兵余际昌等战死，朝廷命张曜接管其军队。二十一日，因安徽匪军纷纷窜扰江苏、湖北，安庆局势堪忧，皇帝下诏，告诫曾国藩要在艰难处境中坚守，行事更加谨慎。左宗棠的军队收复黟县。朝廷任命劳崇光为云贵总督，逮捕治罪田兴恕，以此回应法国方面的要求。二十四日，太平军、捻军进犯凤台、定远，被官军击退。二十五日，朝廷赐翁曾源等二百人进士及第或出身。朝廷停止征收四川的亩捐。二十七日，程学启等将领率领的军队收复昆山、新阳。官军在石涧埠击败贼军首领李秀成。二十九日，回民匪军再次进犯西安，被官军击退。当月，皇帝连续祈雨，朝廷免除太仓等州县的赋税。
五月初二，苗沛霖包围蒙城。初三，鲍超的军队收复巢县。初四，朝廷赏赐郎中李云麟京卿衔，命其节制汉南防兵及四川援军。初六，太平军与捻军联合进犯天长，被官军击败。初八，朝廷命江忠义统领军队支援江西。十一日，邹县的教匪被平定，匪首刘双印被抓获。太平军攻陷古州。十二日，俄国军队进入科布多境内，抓走当地台吉。十六日，天降大雨。十七日，太平军侵扰富阳，被官军击退，但总兵熊建益等在战斗中阵亡。官军援救平凉失利，皇帝催促多隆阿分兵迅速支援。十九日，宁夏已投降的回民再次反叛。鲍超的军队接连攻克巢县、和州、含山。朝廷召晏端书回京，任命毛鸿宾为两广总督，恽世临为湖南巡抚。朝廷批准将明朝大臣方孝孺列入文庙从祀。二十二日，皇帝谕令购置轮船，归曾国藩、李鸿章节制调度。二十三日，曾国藩为弟弟曾国荃辞去浙江巡抚一职，皇帝褒奖勉励，但没有批准其辞呈。西宁回民勾结撒拉族匪军攻打丹噶尔厅。惠远发生回民动乱，被官军迅速平息，朝廷与丹麦确定通商条约。二十六日，彭玉麟等将领率领的军队收复江浦、浦口及九洑洲。二十九日，广西官军收复浔州。
同治二年（公元1863年）六月初一，贵州官军收复普安、安南。初二，朝廷命明谊前往塔城，会同明绪等人办理中俄边界划分事宜。初三，皇帝下诏，令曾国藩、左宗棠等人商议减少江苏常州、镇江，浙江杭州、嘉兴、湖州地区的漕粮征收。初五，因收复城池有功，朝廷赏赐李朝斌、宋国永等人黄马褂，并停止陕西的例行进贡。十二日，四川官军在大渡河围剿贼军，俘获石达开并将其诛杀。朝廷晋升骆秉章为太子太保，提拔总兵唐友耕为提督。十六日，平罗回民再次反叛。瓦亭回民匪军包围隆德，被官军击退。黄河在开州、考城、菏泽决口。十九日，苗沛霖攻陷寿州，知州毛维翼殉城而死。二十日，陕西官军收复宁羌。二十四日，因俄人强行占据放牧之地，朝廷催促常清等人划定边界，劝说俄兵撤回，并安抚归附的哈萨克、布鲁特部众。二十七日，官军收复淄川，抓获刘得培等人并将其诛杀。二十九日，宝庆的土匪被平定。朝廷命四川布政使刘蓉督办汉南军务。当月，朝廷免除福建顺昌等县因战乱受扰应缴纳的赋税，以及江西义宁等州县拖欠的赋税和杂项课税。
秋七月三十日，苗沛霖进逼临淮，唐训方率军迎击。八月初一，李鸿章的军队收复吴江、震泽。河南官军攻克张冈匪巢。瑛棨因罪被革职。朝廷任命刘蓉为陕西巡抚，张集馨暂代其职。初九，朝廷命李鸿章暂兼南洋通商大臣。十三日，贵州官军收复古州。十六日，袁甲三在军中去世。十七日，朝廷赐胜保自尽。十九日，官军攻克沙窝等地的匪巢。朝廷允许江北漕米仍以折银的方式征收。二十日，朝廷命刘蓉一并节制湖北援军。二十二日，官军击退狼山的苗众，蒙城道路得以打通。朝廷命崇厚为全权大臣，负责办理与荷兰的通商条约。云南回民攻陷平彝，岑毓英率军将其收复。二十八日，朝廷命明谊等人会同俄国使者办理边界划分等事务。山东白莲池的教匪被平定，文煜获释。捻军逼近开封。当月，朝廷免除都匀等府厅州县因战乱受扰应缴纳的新旧赋税，以及凤凰等厅县滩地拖欠的租银。
八月初二，程学启等将领的军队在太湖、枫泾等地大破贼军，进而逼近苏州。初三，陕西曹克忠的军队攻克靠近省城的贼巢。初四，西宁、狄道、河州发生汉回互斗事件。哈萨克人勾结俄兵侵扰伊犁，朝廷催促四川何胜必率军支援甘肃。初六，安徽官军攻克长淮卫。初七，马德昭因畏缩怯懦被革职。多隆阿的军队抵达西安，渭南地区的匪患肃清。朝廷命陈国瑞协助吴棠处理军务。十二日，江苏官军攻克江阴。十三日，瑛棨被发配新疆。都兴阿派遣军队支援临淮。十五日，因在调度剿办台湾贼匪时指挥失当，吴鸿源被革职逮捕审讯。十七日，李鸿章前往江阴督战。朝廷谕令陈国瑞支援蒙城，调遣善庆所部马队支援临淮。熙麟派遣军队支援平凉。二十一日，朝廷批准多隆阿的请求，任命曹克忠补任河州总兵，并下令此后提督、总兵等职位空缺，不得擅自奏请选派。宋景诗窜至开州。朝廷命张集馨会同穆腾阿筹办西安防守事务。二十三日，贵州官军攻克桐梓贼巢。普安被攻陷后又迅速收复。朝廷命刘蓉节制毛震寿、李云麟各军，调遣乌鲁木齐、阿克苏的军队支援伊犁，抵御俄军。朝廷批准哈萨克绰坦承袭汗爵。二十五日，朝廷催促林文察渡海赴台湾剿匪。二十六日，回民匪军攻陷平凉。二十七日，阎敬铭将军队移驻东昌。朝廷与荷兰确定换约事宜。刘长佑前往景州督率剿匪。当月，朝廷免除沁州等州厅县拖欠的赋税。
九月初一，朝廷命马德昭前往庆阳军营。沈葆桢请求因病休假，朝廷安慰留任并给予假期。初四，朝廷批准李鸿章调知县丁日昌来上海监督制造火器。石泉知县陆堃联合团练剿贼，受到朝廷嘉奖。初六，浙江官军攻克富阳。初七，广东官军攻克广海寨城。初九，朝廷谕令僧格林沁率炮队前往蒙城协助剿匪。初十，太平军攻陷城固。捻首张总愚等人从汝州向南逃窜。十一日，多隆阿的军队收复高陵。十二日，穆隆阿因上奏内容失实被革职。朝廷调多隆阿为西安将军，任命富明阿为荆州将军。十七日，多隆阿的军队攻克苏家沟、渭城贼巢。二十日，太平军攻陷会同、绥宁，随后又被收复。陕西民团收复沔县。二十一日，李秀成支援无锡，被程学启等击退。二十五日，僧格林沁围剿宋景诗股匪，将其全部平定，宋景诗逃脱。因援陕川军战败，提督萧庆高被革职，留营效力。因汉中失守，布政使毛震寿被革职。朝廷谕令刘长佑、阎敬铭办理直隶、山东善后事宜。二十六日，御史马元瑞上奏陈述减轻赋税、谨慎断案、妥善安抚百姓、勤于开导教化四事，朝廷按其所请施行。当月，朝廷免除直隶沧州等州县，山东海丰等盐场未完的灶课税。
冬十月初二，阎敬铭请求服满丧期，朝廷未批准。官军抓获直隶、山东股匪朱登峰等人，并全部诛杀。初三，捻首张总愚从鲁山、南召向南逃窜。初六，陶茂林的军队解除凤翔之围，朝廷正式任命陶茂林为甘肃提督。朝廷命处于丁忧期的总兵成禄留营。朝廷撤换李泰国，任命赫德办理总税务司事务。初八，太平军窜至龙胜，总兵胡元昌战死。十一日，朝廷谕令骆秉章分军围剿瞻对，疏通入藏道路，同时阻止法国教士进入西藏传教。十四日，朝阳残余匪军窜扰昌图。朝廷下诏要求臣工力行节俭，催促贾洪诏前往昭通。因捐献马匹，朝廷赏赐扎萨克台吉明珠尔多尔济贝子衔。十五日，李云麟的军队作战失利，太平军攻陷陕西山阳。张总愚窜至邓州，赖、曹等贼首窜至凤县、两当。十七日，左宗棠的军队击败驻守杭州、余杭的贼军。十九日，蓝氏匪军攻陷盩厔。二十日，皇帝守丧期满已过一段时间，祁俊藻、倭仁、李鸿藻奏请摒弃浮华奢靡之风以巩固皇帝品德修养。皇太后懿旨表示：“要摒弃游玩观赏、大兴土木等事，祁俊藻等人应时刻进谏教诲，助皇帝养成良好品德，端正治国根本并努力践行。”贼首古隆贤归降，官军收复石埭、太平、旌德。曾国荃等军队收复秣陵关。二十三日，广西官军收复容县。二十四日，程学启等军队攻克浒墅关。二十六日，官军围剿昌图匪军失利，朝廷斥责玉明隐瞒实情、粉饰败绩。二十八日，英桂升任福州将军，朝廷任命沈桂芬暂代山西巡抚。三十日，李秀成支援苏州，被李鹤章等军队击败。朝廷命富明阿协助僧格林沁处理军务。当月，朝廷免除广西永安等州厅县因战乱受扰应缴纳的新旧赋税。
十一月初三，奉天匪军窜入吉林，玉明等人联合围剿。安徽官军收复怀远及蚌埠。初四，僧格林沁督率各军进攻苗沛霖，将其诛杀。李鸿章督军收复苏州，太平军首领郜云官等人投降。朝廷加封李鸿章太子少保衔，赐予程学启世袭官职，并赏赐黄马褂。初五，贼首杨友清等人献高淳、宁国、建平、溧水归降。李云麟等人收复山阳。广东官军收复信宜。初六，刘典等军队收复昌化。初七，蓝氏匪军窜至商南。初十，张总愚窜至淅川。十一日，僧格林沁的军队收复下蔡、寿州。十三日，李鸿章诛杀郜云官等人，并遣散投降的部众。十四日，李鹤章的军队攻克无锡、金匮。十七日，李续宜去世。丘县匪首张本功等人聚众抗粮，被逮捕诛杀。朝廷正式任命阎敬铭为山东巡抚。汧阳回民归降。十九日，官军收复颍上、正阳。二十日，马化龙攻陷宁夏、灵州。朝廷论及平定苗沛霖叛乱的功劳，恢复李世忠的职务。曾国荃的军队攻克淳化等关隘，进驻孝陵。二十三日，官军攻克嘉善张泾汇。二十四日，回民叛军包围宁夏满城。二十七日，江苏官军收复平湖，贼军头目献乍浦、嘉善归降。当月，朝廷免除山东泗水等州县因灾受扰应缴纳的钱粮，以及直隶武清等州县受灾应缴纳的赋税。朝廷赈济吉林打牲乌拉的灾民。
十二月初五，提督江忠义在江西军中去世。初八，江苏官军攻克平望。初九，唐训方被罢职，朝廷任命乔松年为安徽巡抚。十六日，朝廷任命唐友耕为云南提督，令其前往昭通。十九日，谭廷襄上奏统筹黄河下游地势情况，请求疏浚支流渠道以减轻洪水，加固土堤以保护民田。朝廷谕令刘长佑、阎敬铭会同筹办。二十一日，陕西回民、太平军纷纷窜入甘肃境内。二十二日，朝廷批准苏、松、太地区漕粮减价折银征收。二十三日，皇帝驾临抚辰殿大帐，赐宴蒙古王公，按等级赏赐财物，此后每年如此。官军收复彰化，台湾两路贼患平定。二十四日，朝廷施恩将翁同书发配戍边。朝廷命左宗棠革除浙东地丁赋税的积弊，饬令陕西、湖北、四川联合围剿汉南叛军。当月，朝廷免除山东、陕西受战乱侵扰州县的新旧赋税，以及孝义等厅县应缴纳的仓粮。
这一年，朝鲜前来进贡。
同治三年（公元1864年）正月初一，同治皇帝率领王公大臣向两宫皇太后庆贺新年，行礼结束后，前往太和殿接受朝贺，此后每年正月初一均如此。初二，李鸿章的军队在奔牛镇迎击支援常州的贼军，取得大胜。初四，凤翔的回民请求朝廷招抚，朝廷予以准许。商南的匪军窜至郧西，朝廷调遣湖北石清吉的军队前往陕西支援。援陕的川军在青石关作战失利。初八，河南的捻军窜至随州。十一日，河南官军在赵庄山口围剿张总愚部，遭遇失败。十七日，官军收复修文及册亨。十八日，朝廷调遣直隶、山西的军队支援宁夏，同时谕令阿拉善旗禁止蒙民与回民匪军相互勾结。二十二日，李世贤窜至绩溪。二十四日，朝廷命都兴阿前往绥远协助办理防务，命富明阿前往扬州接办军务。二十七日，浙江官军收复海宁，彰化匪首戴万生被处死。太平军窜至石泉、汉阴、宁陕。当月，朝廷免除安州等歉收地区拖欠的赋税。
二月初一，官军收复汉中留坝，贵州官军收复龙里。初四，太平军窜至广信、建昌。初九，宁夏回民匪军进犯中卫等地，熙麟分兵前往支援。十一日，广东三山的土匪被平定。十二日，太平军攻陷镇安，很快又被官军夺回。十六日，多隆阿围攻盩厔许久未能攻克，朝廷严厉斥责。朝廷听从阎敬铭的奏请，停止征收山东的亩捐。十七日，广西官军攻克苍梧等县。十九日，曾国荃等军队攻克钟山的石垒，完成对金陵的合围。蒋益澧的军队收复桐乡。太平军逼近福建边境，张运兰率军前往支援。二十一日，河南官军攻克息县、光州的贼军寨堡。二十三日，太平军窜至广丰、弋阳。二十九日，陕南的匪军窜至内乡。
三月初二，程学启等军队攻克嘉兴，江西官军收复金溪，江南官军收复溧阳。陕西官军攻克盩厔，多隆阿因伤获赐假期，由穆图善暂代军务。雷正绾等军队进剿反叛的回民。四川匪首蓝二顺窜至洵阳。初六，僧格林沁率领全军奔赴河南，进驻许州。江南官军收复广德，嘉义匪首林赣晟被处死。初九，戈登攻打金坛时受伤，朝廷下令慰问。岑毓英等军队攻克他郎、镇沅。初十，朝廷命多隆阿督办陕甘军务。十二日，蒋益澧各军收复杭州及余杭。朝廷加封左宗棠太子少保衔，赏赐蒋益澧黄马褂，不久后又赐予他世袭官职。十四日，朝廷免除杭州、嘉兴新收复地区两年的钱粮赋税。朝廷命穆图善协助多隆阿处理军务，暂代钦差大臣。四川官军攻打松潘匪军，收复叠溪营城。十七日，云南官军收复景东、元谋及楚雄。二十三日，江西匪军窜入福建。二十四日，匪首蓝大顺被处死。二十五日，浙江官军收复武康、德清、石门。朝廷谕令左宗棠收养杭州的难民。二十八日，提督程学启在军中去世。二十九日，张总愚窜至镇平。甘肃回民匪首马三娃攻陷赤金堡，被官军剿平。当月，朝廷免除贵州各府厅州县因战乱受扰拖欠的赋税。
夏四月初一，发生日食。初二，鲍超的军队收复句容。初六，朝廷命都兴阿前往定边接管讷钦所部各军，进剿宁灵一带的盘踞匪军。初七，李世贤等窜入江西，鲍超的军队收复金坛。捻军与太平军联合窜至枣阳。陕南的匪军窜入河南，攻陷荆子关。初八，湘军联合收复古州。十一日，朝廷核定减少绍兴的浮收钱粮，并定为永久制度。十四日，李鸿章督军攻克常州，冯子材等军队收复丹阳。朝廷因朝鲜已故国王世子李熙袭爵，命侍郎皂保、副都统文谦前往册封。十六日，因侍郎薛焕、通政使王拯相互攻讦，二人均被降职调任，朝廷同时申诫群臣。官文前往安陆督师，严树森负责省城防守事务。二十日，多隆阿在军中去世。朝廷命都兴阿督办甘肃军务，雷正绾协助办理。二十一日，江西官军解除玉山之围。二十三日，严树森因被官文弹劾而降级，朝廷任命吴昌寿为湖北巡抚，唐训方暂代其职。朝廷命杨岳斌督办江西、皖南军务。二十一日，僧格林沁联合楚军在随州围剿太平军、捻军，大获全胜。二十八日，因长江下游江防肃清，朝廷裁汰水师船只，并解除封江禁令。二十九日，太平军攻陷弋阳。陕南的太平军窜至德安府，僧格林沁率军追击围剿。三十日，朝廷申诫统兵大臣不得在奏报中粉饰战况。当月，朝廷免除武进、阳湖本年应缴纳的赋税。
五月初一，贵州匪军攻陷长寨、定番、广顺，很快又被官军收复。初五，太平军窜至天门、应城、德安、随州。初六，太平军攻陷宁化，旋即被收复。熙麟因病免职，朝廷任命杨岳斌为陕甘总督，都兴阿暂代其职。初八，朝廷允许西班牙订立通商条约，命薛焕、崇厚担任全权大臣，妥善办理相关事宜。朝廷谕令李鸿章调拨精锐部队协助攻打金陵。初十，李世贤进犯抚州，被官军击退，官军随后收复弋阳。朝廷赏赐戈登黄马褂、花翎，以及提督服饰，裁汰整编常胜军，遣散外国兵官。十二日，官军收复都江、上江等城。太平军逼近西安。十四日，刘蓉、李云麟被革职留任。朝廷命穆图善留在西安共同筹划防剿事务。贵州匪军窜至秀山。十九日，鲍超请求休假回乡安葬亲人，朝廷下诏抚慰挽留。李世贤攻陷宜黄、崇仁，南昌进入戒严状态。二十一日，回民匪军攻陷狄道，很快又被官军夺回。二十三日，太平军窜至黄陂，官文将军队移驻孝感。二十四日，皇太后懿旨安排瑞常、宝鋆、载龄、单懋谦、徐桐轮流进宫讲解《治平宝鉴》。太平军再次攻陷建宁、宁化，不久后又被收复。二十八日，雷正绾的军队收复平凉。二十九日，朝廷谕令各地疆吏打破地域界限，联合缉拿边境匪军。朝廷命李恒嵩、刘郇膏与丹麦使者璧勒在上海换约。三十日，广西官军攻克贵县的贼军巢堡，浔州匪患肃清。
六月初三，朝廷申诫各部院大臣不得再像以前一样懈怠拖沓。初四，太平军窜至麻城、黄冈。初八，天降大雨。江苏官军收复长兴，贵州官军收复普安。马如龙、岑毓英各军围剿迤西的回民匪军，收复中甸、维西、思茅、威远及石膏井等贼军巢堡。初九，库车发生汉回动乱，办事大臣文艺、回子郡王爱默特遇害。朝廷将哈萨克部众安置在斋桑淖尔东南。十九日，江西官军攻克贵溪的贼军堡垒。曾国荃的军队攻克金陵外城。二十二日，降雨。回民匪军攻陷布古尔、库尔勒。朝廷谕令撤回讷钦等军队。二十四日，浙江官军收复孝丰。二十九日，官军攻克江宁，洪秀全此前已自尽，其子洪福瑱逃跑，官军抓获贼首洪仁达、李秀成，江南地区得以平定。朝廷派遣醇郡王前往咸丰皇帝灵前代为祭告。同治皇帝前往向两宫皇太后报捷。论功行赏，朝廷晋封曾国藩为一等侯；曾国荃为一等伯，加太子少保衔；提督李臣典为一等子，赏赐黄马褂；萧孚泗为一等男：均赏赐双眼花翎。按察使刘连捷等获赏世袭官职，升职加衔各有不同。朝廷下令戮烧洪秀全尸体，并将首级传示各省。论及各路剿贼功劳，朝廷封僧格林沁之子伯彦讷谟祜为贝勒，官文为一等伯，李鸿章为一等伯，骆秉章为一等轻车都尉，均赏赐双眼花翎；加封杨岳斌、彭玉麟太子少保衔，鲍超为一等轻车都尉，都兴阿、富明阿、冯子材为骑都尉，魁玉为云骑尉。回民叛军攻陷喀喇沙尔，办事大臣依奇哩等人均遇难。当月，朝廷免除福建建宁等县因战乱受扰拖欠的赋税。
秋七月初二，因江南平定论功行赏，朝廷晋封议政王恭亲王之子载澂为贝勒，载濬为不入八分辅国公，载滢为不入八分镇国公；加封军机大臣文祥太子太保衔，宝鋆、李棠阶太子少保衔；对皇室宗亲、御前大臣、内务府大臣等加恩赏赐，其余人员也各有赏赐。初三，因逢甲子年，朝廷下诏停止处决判为情实的犯人。朝廷谕令：“江南刚收复，民生凋敝，各地官员要积极招抚流亡百姓，做好抚恤工作。对于战事尚未平息的省份，统兵大臣、督抚等要激励将士，奋发努力，力求建立功勋。”俄国军队进入科布多卡伦，抓走委员及扎萨克。初四，朝廷禁止宗室、觉罗人员私自居住外城。初六，朝廷追究依附苗沛霖的罪责，总兵博崇武等人被发配新疆，按察使张学醇被发配到军台服役。太平军窜入罗田盘踞，广西匪军攻陷归顺。十一日，朝廷下诏修缮明太祖陵。裁撤江北的厘金，恢复两淮盐务。十二日，朝廷正式任命沈桂芬为山西巡抚，任命郑敦谨为河东河道总督。十三日，与丹麦换约完成。十四日，洪仁达、李秀成被处死。汪海洋窜至许湾盘踞。十五日，洪福瑱进入湖州。盐茶、固原的回民匪军再次反叛，向北窜至宁灵，侵扰中卫、靖远，撒拉族回民与之勾结攻陷循化厅，吐鲁番所属的托克逊也发生汉回变乱。十六日，户部侍郎吴廷栋上奏，称金陵告捷后更应保持敬畏戒惧之心，朝廷赞许并采纳。十九日，因广西道路受阻，朝廷停止越南前来进贡。奇台发生汉回动乱，古城、乌鲁木齐也同时陷入混乱。文光等率军支援库车，作战失利，在乌沙塔克拉全军覆没，文光战死。二十二日，狄道、河州的回民匪军联合撒拉族回民侵扰河州。江西官军收复崇仁、东乡。二十三日，收复金溪。二十四日，祁俊藻因病请求退休，朝廷命他仍以大学士衔在弘德殿任职。官军抓获昌图的盗匪刘发好等人，并将其处死。二十五日，朝廷恢复郑亲王、怡亲王的世袭爵位。朝廷追录已故大臣的功绩，赐予胡林翼一等轻车都尉，李续宾二等轻车都尉，塔齐布、张国樑、江忠源、程学启三等轻车都尉，加赏江忠济、罗泽南、多隆阿、曾国华一等云骑尉。江西官军收复宜黄。二十六日，攻克许湾。二十七日，僧格林沁在麻城击败贼军。曾国荃请求因病休假，朝廷温言下诏劝阻。李臣典因伤在军中去世。当月，朝廷免除江苏、安徽各受战乱侵扰地区拖欠的赋税。
同治三年（公元1864年）八月初一，朝廷确定了诸王的位次，并将其定为法令。初二，江西的军队收复南丰。初三，乌鲁木齐参将发动叛乱，提督业普冲额不幸遇害，伊犁地区局势危急，朝廷紧急调遣塔尔巴哈台的喀尔喀蒙古兵前去支援。同时，朝廷下令让刘蓉专门负责陕西军务，命穆图善率领所部前往甘肃，与雷正绾共同筹备军务，还催促杨岳斌尽快赴任陕甘总督。初四，朝廷命张集馨前往固原、盐茶处理招抚回民的相关事宜。初六，江苏、浙江的官军联合攻克湖州及安吉。初八，江西军队收复新城，陈炳文投降。十四日，官军收复广德。朝廷赏赐郭松林世袭官职，赐予杨鼎勋、周盛波黄马褂，贵县的匪患也被平定，同时提拔刘铭传为直隶提督。十五日，回民匪军攻陷古城汉城。十六日，雷正绾的军队攻克张家川的贼军堡垒。十七日，僧格林沁在围剿罗山窜匪时作战失利，都统舒通额等人战死。二十日，云南巡抚贾洪诏因借口生病逃避职责，被革除职务。二十二日，朝廷调遣土谢图汗、车臣汗的蒙古兵前往乌鲁木齐等地协助剿匪。二十五日，浙江官军在昌化、淳安追击贼军，擒获并诛杀了贼首黄文金等人，朝廷任命林鸿年为云南巡抚。二十六日，朝廷下诏，让新疆各路大臣根据实际情况分别进行剿匪或招抚，并对联络各城抗击贼军的回郡王伯锡尔予以嘉奖。库尔喀喇乌苏等地发生回民匪乱，官军作战失利。二十七日，朝廷命麟兴办理乌里雅苏台的立界事宜。二十八日，僧格林沁剿匪再次失利，总兵巴扬阿等人战死。二十九日，雷正绾进攻莲花城失败，回民匪军重新攻陷固原。三十日，河州、狄道的回民匪军窜犯兰州及金县。
九月初一，刘铭传率领的各路军队击败宁国等地的窜匪。初二，江西军队收复雩都。李云麟因借口生病逃避职责，被革除职务，其所统领的陇军也被裁撤。初四，曾国荃因病请求辞去职务，朝廷批准，随后任命马新贻为浙江巡抚，并让他留在安庆负责防守事务。初五，朝廷命穆图善协助都兴阿处理军务。初六，杨岳斌因病请求休假，朝廷温言劝阻。李世贤进犯南安，被官军击退。初七，回民匪军攻陷叶尔羌，署参赞奎栋殉职，喀什噶尔、英吉沙尔的武官一同叛变。十三日，西宁的回民归降。十四日，张家川的回民匪军进犯庆阳。十五日，江西的贼军窜至南雄。十六日，粤匪攻陷开化，并窜入江西，黄安、麻城的匪军也窜至商城。十九日，与西班牙完成换约。二十日，朝廷谕令内务府要大力节约开支，还任命札克通阿暂代哈密大臣。二十一日，西宁的回民匪军再次叛变。二十二日，粤匪蔡得荣等人窜扰并攻陷阶州。二十四日，朝廷下诏修缮曲阜的孔庙以及各省的学宫。二十五日，开始修建浙江的海塘。二十八日，捻匪窜至蕲水，湖北军队作战失利，总兵石清吉战死。二十九日，俄国军队擅自进入阿尔泰淖尔。十月初三，沈桂芬奏请筹集经费进行屯田移民，以抚恤旗民。
冬十月初一，朝廷准许杨岳斌回乡探亲，并让他招募兵勇前往甘肃。初二，将乌鲁木齐提督文祥的名字改为文祺。初四，将军常清被革职，朝廷任命明绪接替其职务，让联捷担任参赞大臣，还命武隆阿统领援救乌鲁木齐的各路军队，并节制领队大臣以下官员。初五，鲍超的军队大败贼军，朝廷赏赐他双眼花翎。席宝田的军队抓获贼首洪仁玕等人，安徽南北地区的匪患得以肃清。初六，回民匪军攻陷乌鲁木齐满城及绥来，都统平瑞等人战死，哈密地区也发生汉回动乱。朝廷任命保恒暂代乌鲁木齐都统，李鸿章暂代两江总督，吴棠暂代江苏巡抚，富明阿暂代漕运总督。初九，在石城抓获洪福瑱，并将其诛杀，朝廷赏赐沈葆桢一等轻车都尉，封鲍超为一等子。朝廷论及收复全浙江的功劳，封左宗棠为一等伯，赏赐蒋益澧骑都尉。粤匪攻陷瑞金，很快又被官军收复。十一日，粤匪攻陷漳州、龙岩、南靖、武平，按察使张运兰等人战死，刘蓉分兵驻守邠州等地。十六日，明谊与俄国使者签订分界条约，科布多城卡外的蒙古地区、阿尔泰淖尔乌梁海均归属俄国。朝廷给鲍超放假，命其所部宋国永等军队支援福建，归左宗棠节制。十八日，雷正绾的军队攻克莲花城，朝廷赏赐曹克忠黄马褂。僧格林沁剿匪大获全胜，朝廷赏赐郭宝昌等人黄马褂，贼首马融和率众归降。二十日，四川援军收复仁怀。二十一日，粤匪攻陷平和。二十二日，粤匪又攻陷嘉应、大埔。二十七日，朝廷谕令曾国藩继续驻守金陵，李鸿章等人返回各自原任职位。当月，朝廷免除河南信阳等地因战乱受扰应缴纳的赋税，以及浙江西安等县拖欠的赋税。
十一月初二，朝廷免除江宁所属地区三年的粮赋。初五，回民匪军攻陷河州。初六，开始修筑濮州的金堤。初八，文祺、伯锡尔平定哈密的回民动乱。十四日，朝廷免除江苏历年州县摊赔的银两，并永久禁止摊派相关名目。十七日，沈葆桢奏请派兵支援福建，并加强防范，防止贼军回窜。十九日，广东军队收复武平，朝廷命福建、浙江、江西的军队联合围剿，防止贼军逃入大海。回民匪军攻陷阿克苏、乌什，办事大臣富珠哩、文兴等人战死。二十八日，僧格林沁在围剿襄阳、枣阳窜匪时作战失利，太平军、捻军等匪军于是窜至邓州。二十九日，朝廷谕令刘连捷、刘铭传等各路军队向前推进，并归僧格林沁调遣。三十日，雷正绾等军队击败固原的回民匪军。十二月初一，文祺等人平定巴里坤的回民匪乱。回民匪军攻陷库尔喀喇乌苏，伊犁局势进入戒严状态。初二，满庆奏报汪曲结布去世，请求赏赐青饶汪曲诺们罕名号，让其协理西藏商上事务，朝廷批准。当月，朝廷免除江苏上元等县因战乱受扰拖欠的赋税。
十二月初一，福建军队在围剿漳州匪军时作战失利，林文察等人战死。初二，朝廷命吴棠继续兼管江北事务。初三，肇庆的客匪被平定，都兴阿等军队攻克清水堡。初七，朝廷停止河南每年进贡枣实，同时开始修筑浙江海塘。初八，回民匪军攻陷金县，曹克忠的军队攻克盐关。十三日，伊犁官军战败，领队大臣托克托奈等人战死，朝廷批准明绪借俄国兵助剿的请求。十四日，济木萨的官军作战失利。十五日，朝廷对诸暨的义民包立身等人给予优厚抚恤，还批准了吴棠试行河运的奏请。二十日，陶茂林的军队收复金县。二十一日，李元度被发配到军台服役。二十四日，僧格林沁将军队转移到宝丰剿匪，并取得胜利。二十九日，官军在围剿回民匪军时大获全胜，伊犁之围得以解除，朝廷赏赐明绪黄马褂。当月，朝廷免除浙江瑞安因战乱受扰拖欠的赋税，以及江苏太仓等州厅县、淮安等卫因战乱受灾应缴纳的赋税。
这一年，朝鲜、琉球前来朝贡，延续着与清朝的藩属关系。
同治四年（公元1865年）正月初一，官军成功攻克静宁的贼军巢穴，但同一天，回民匪军攻陷了古城汉城。初四，巴彦岱城遭到围困，官军作战形势不利。朝廷释放陈孚恩、乐斌，命他们协助办理伊犁的兵饷事务。初六，朝廷听从曾国藩的请求，调派刘铭传的军队前往福建，同时让鲍超在四川招募军队开赴甘肃，并追赠此前在战事中牺牲的道员何桂珍、知州刘腾鸿、游击毕金科谥号。初八，乌鲁木齐提督文祺在巴里坤去世，回民匪军趁机攻陷木垒等地。十一日，张集馨因罪被革职，已被革职的提督马德昭则恢复原官。平凉、固原的回民匪军窜扰灵台及汧阳、陇州。十二日，朝廷任命伯锡尔暂代哈密帮办大臣。十五日，台湾的会匪之乱被平定。十八日，粤匪攻陷永定、云霄。二十日，朝廷重新设置淮扬河务兵备道，并改设徐海河务兵备道。二十一日，粤匪与捻军一同窜至鲁山，护军统领恒龄等人不幸战死。二十七日，回民匪军攻陷济木萨。二十八日，黔匪攻陷定番，但很快又被官军收复，随后黔西也遭到攻陷。二十九日，回民匪军窜至永昌。
二月初四，由于蒙古军队支援古城时作战失利，朝廷下令将已征调的各路军队撤回原旗。初五，陕西官军在醴泉击败回民匪军，朝廷命胡中和统领军队继续进剿。十一日，朝廷因云南临安的官绅不依附回民叛军，特下旨嘉奖。十二日，朝廷准许沈葆桢请假回乡省亲。十六日，因直隶等省出现雷雹灾害，朝廷下诏要求自省反思。雷正绾的军队重新攻克固原等地，贵州参将曹元兴因谋逆被处死。十七日，长阳的土匪被平定。十九日，官军收复永定、龙岩。武隆额等率军支援巴彦岱城，却遭遇失败。二十二日，黔西的匪军攻陷大定，苗匪也攻陷天柱、古州。朝廷因马如龙、岑毓英肃清曲靖、寻甸，并擒杀叛军首领马联升等人，对他们进行了不同程度的奖励。二十六日，福建官军在古田、漳州围剿李世贤、汪海洋等部，取得重大胜利。
三月初一，朝廷因田兴恕轻视军务、残杀教民，将其发配新疆。初五，陶茂林成功剿平郭家驿等地的回民匪军。朝廷告诫僧格林沁“只需驻军指挥调度，切勿轻易亲临前线，以免陷入危险”。初六，恭亲王被免去军机大臣职务，同时被撤除议政权力。朝廷命文祥等人负责总理各国事务衙门的相关事宜。粤匪攻陷诏安，知县赵人成以身殉职。初七，凉州的回民发动叛乱，很快被官军平定。朝廷允许英国、法国在江宁进行通商活动，命鲍超筹备西征事宜，并准许他可以直接向朝廷奏报。惇亲王奏称恭亲王被参奏的内容不实，朝廷命王公、大学士等人详细商议后奏报。初九，塔城发生回民动乱。锡霖因请求因病离职被罢免，朝廷命他前往伊犁，听从明绪调遣。提督谭胜达因克扣军粮被革职，但仍命他前往鲍超军中效力，同时任命武隆额暂代塔尔巴哈台参赞大臣。十一日，巴里坤领队大臣色普诗新率兵支援古城，与贼军交战失利，不幸战死。十三日，福建官军击败盘踞在汀州、连城的贼军。十四日，甘肃官军击退古浪、平番的回民匪军。十五日，朝廷听从王大臣的请求，命恭亲王仍在内廷任职，并管理总理各国事务衙门。二十日，朝廷谕令官文精简淘汰士兵和乡勇。二十三日，朝廷命杨岳斌前往甘肃任职。沈葆桢遭遇母亲去世，朝廷命他暂不离职，署理江西巡抚。二十五日，西宁的回民匪军再次叛乱，攻陷大通。二十六日，广西官军收复永淳。二十七日，朝廷命毛昶熙回京。这个春天，朝廷免除了直隶、江苏、安徽、江西受灾和受战乱侵扰地区的赋税及拖欠的课税。
夏四月初一，朝廷禁止在热河围场红椿以内的区域开垦。肃州的回民匪军占据嘉峪关，包围州城，抚彝的回民匪军也发动叛乱。初三，彭玉麟上疏辞去漕运总督一职，请求专门负责水师事务，朝廷批准。朝廷让吴棠继续留任漕运总督，负责清江、淮安的防务。初五，官军收复盐茶厅，朝廷赦免已被革职的提督成瑞的罪行。初六，回民匪军攻陷古城，领队大臣惠庆等人战死。十一日，台湾地区的匪患被彻底肃清。十三日，贵州官军收复玉屏、天柱。朝廷命恭亲王仍任职军机处，但不再参与议政。甘州的回民匪军攻陷永固堡。十八日，粤匪再次攻陷沭阳、宿迁。鲍超所部霆军十八营不愿西征，在金口发生哗变。朝廷停止鲍超西征的计划，命他召集溃散的士兵前往福建剿贼。二十一日，宁夏官军剿贼取得重大胜利。二十二日，粤匪与捻军一同回窜至兖州、济宁一带，朝廷命刘铭传前往直隶设防。二十五日，朝廷赐崇绮等二百六十五人进士及第或出身。二十八日，因山东贼军势力不断蔓延，朝廷命曾国藩出省督率军队，与僧格林沁的军队进行南北合击。二十九日，僧格林沁在菏泽南吴家店剿贼时失利，与内阁学士全顺、总兵何建鳌等人一同战死。朝廷得知消息后，暂停上朝三日，特准僧格林沁配享太庙。朝廷命曾国藩督师剿贼，李鸿章暂代两江总督。
五月初一，朝廷谕令成禄进剿占据肃州的匪军。霆营叛变的士兵从江西窜至福建。粤匪与捻军一同窜至开州、东明。初二，陶茂林所部军队溃散，回民匪军包围安定，兰州形势危急，进入戒严状态。初四，朝廷命曾国藩节制直隶、河南、山东三省的军队防务。甘肃溃散的士兵窜扰陕西。十一日，朝廷免除李元度发配戍边的处罚。十三日，粤匪与捻军一同渡过运河，向东窜至济宁、兖州、泰安。十四日，朝廷严厉谕令盛京、吉林两地剿灭马贼。十五日，因剿贼无功，官文、张之万、毛昶熙被革职，但仍留任原职，同时朝廷撤除官文的宫衔，并催促鲍超尽快前往江西。十七日，朝廷命侍读学士卫荣光前往东昌督办沿河地区的民团事务。十八日，官军攻克漳州、南靖。朝廷准许沈葆桢为母亲守满丧期。曾国藩推辞节制三省军务的任命，朝廷没有批准。回民匪军攻陷肃州，粤匪与捻军分别窜至丰县、沛县。朝廷谕令整顿沿海水师。窜至陕西的溃散士兵被平定。朝廷谕令刘长佑驻守直隶境内，崇厚驻守东昌，部署沿河防务。黔匪攻陷广顺，不久后又被官军收复。二十日，天降大雨。粤匪包围永定。二十一日，江苏官军收复漳浦。朝廷任命刘坤一为江西巡抚。二十六日，因防剿行动迟缓，提督刘铭传被革职，但仍留任原职。杨岳斌请求辞去职务，朝廷没有批准，仍命他前往甘肃任职。二十八日，奇台官军收复济木萨。二十九日，官军收复阶州。
闰五月初一，朝廷起用沈葆桢督办江西的防剿事务。初二，粤匪从福建窜至嘉应。初五，广东官军收复平和、诏安。四川官军收复正安。初九，泗城的匪患被平定。十一日，朝廷减少杭州、嘉兴、湖州地区的漕米征收量，共计二十六万石。十四日，汪海洋回窜永定，官军作战失利，总兵丁长胜等人战死。十六日，回民匪军占据阜康。张总愚向南窜至雉河集，朝廷谕令刘铭传、吴棠等人联合围剿。粤匪攻陷广东镇平。遵义的匪军归降。二十一日，鄂尔多斯的蒙古军队击退花马池的回民匪军。黔匪攻陷绥阳。二十四日，同治皇帝亲临僧忠亲王的丧礼，赐奠致哀。朝廷赏赐僧忠亲王的孙子那尔苏贝勒爵位、温苏都辅国公爵位。曾国藩驻军临淮。特克慎去世，朝廷命皂保调查巴尔虎的边界争端事宜，任命恩合为吉林将军。二十五日，因久旱不雨，朝廷谕令自省反思，并鼓励臣民建言献策。二十八日，朝廷谕令，耆英曾获罪，无需平反昭雪，并禁止肃顺的儿子出仕为官，这是因为耆英的儿子庆锡为父鸣冤，称耆英之死是肃顺所致。
六月初一，朝廷对安徽地方行政区划进行调整，增设安庐滁和道，同时将凤庐颍道改为凤颍六泗道，并让其继续兼任凤阳关监督。朝廷命令刘长佑返回保定，潘鼎新率军驻守济宁。初三，甘肃民团和义勇军成功收复嘉峪关。鉴于安西、玉门等县发生回民动乱，朝廷下令让杨岳斌进驻兰州，统筹局势。初六，朝廷再次强调，要求各省对地方州县官员进行严格甄别考核，确保吏治清明。初九，塔尔巴哈台的回民匪军设下埋伏，杀害参赞锡霖等人后，包围城池，所幸被喇嘛棍噶札拉参率领的军队击退。随后，朝廷进行人事调动，调武隆额担任塔尔巴哈台参赞大臣，任命额腾额为叶尔羌参赞大臣。十三日，天降大雨。朝廷经过调查，认定载华等人在工程建设中存在贪污侵占行为，于是剥夺载华贝子爵位、恩弼辅国公爵位，并将二人圈禁两年。十六日，沈桂芬因丁忧离职，朝廷任命曾国荃为山西巡抚。贵州匪军再次攻陷天柱，并侵扰湖南会同，劳崇光、李瀚章联合率军进行围剿。贵州官军虽然收复了黔西，但在独山遭遇失利。十九日，岷州发生回民动乱，知州增启等官员被杀，匪军还窜扰洮州。二十二日，支援贵州的四川官军收复正安。二十四日，奇台、哈密相继沦陷，哈密办事大臣札克当阿殉职，文麟被迫退往巴里坤。朝廷紧急下令，要求杨岳斌、成禄、联捷率军进击肃州匪军，同时，回子台吉陆布沁选择向朝廷投诚。同日，御史穆缉香阿上奏，请求朝廷谨慎挑选皇帝身边的侍从人员。朝廷随即谕令内务府，对那些善于谄媚逢迎的人，一旦查实，必须严惩不贷。这个夏天，朝廷免除了陕西、浙江、福建等州县因战乱受扰应缴纳的赋税，以及哈密因兵乱影响的粮税。
秋七月初一，朝廷谕令刘蓉严密防守定边、鄜州、延安、邠州、陇州等地，同时要求杨岳斌防范回民首领赫明堂的势力。初二，回民匪军攻陷巴燕岱，伊犁领队大臣穆克登额等人战死。朝廷革除了协助逆匪的伯克都鲁素等人的职务。官军成功收复库尔喀喇乌苏后，朝廷任命布尔和德暂代领队大臣，并让他率军支援塔城。初五，武隆额率军剿平礼拜寺的回民叛军。贵州匪军攻陷石阡，知府严谨战死，不过官军很快又收复了这座城池。十一日，朝廷任命董恂、崇厚为全权大臣，负责与外国商议签订商约事务。十七日，朝廷赏赐科尔沁亲王伯彦那谟祜世袭博多勒噶台亲王的封号。二十日，御史蔡寿祺因发表不实言论被革职。贵州匪军攻陷大定，但不久后又被官军夺回。二十七日，奉天马贼侵扰遵化、蓟州，玉明因失职被罢官，并受到严厉议处，朝廷任命恩合暂代盛京将军。同时，朝廷与荷兰完成换约。二十八日，朝廷谕令禁止法国传教士干预军事事务。三十日，陈国瑞被解除帮办军务的职务。
八月初八，由于在招抚事宜上处置不当，恩麟被革职，成瑞被发配至黑龙江。祁俊藻退休离职。粤匪和捻军流窜至安徽、河南境内。初十，朝廷在上海设立机器局，试图通过学习西方技术增强实力。十一日，回民匪军进犯巴里坤，讷尔济率军将其击退，但文麟的军队在奎苏遭遇失败。十二日，里塘的民族事务得到妥善解决。朝廷批准四川总督骆秉章的休假请求，命崇实暂代其职，并严厉要求麟兴亲自前往勘定唐努乌梁海的边界。十三日，朝廷命令左宗棠驻扎广东，节制江西、广东、福建三省的军队。十四日，朝廷命令曾国藩进驻许州，联合围剿河南境内的捻军。十九日，朝廷下令伊犁地区抓捕并诛杀参与叛乱的官兵，对在剿贼中表现出色的额鲁特总管蒙库巴雅尔等人，分别给予不同等级的奖励和提拔。同日，玉明被革职。郭嵩焘请求辞职，因其言辞多有负气之处，受到朝廷严厉斥责。朝廷下令减少江西丁漕的浮收费用，裁撤州县不合理的捐摊杂税。粤匪首领汪海洋杀死李世贤。二十三日，粤匪攻陷广东长乐。英、法两国归还天津海口炮台。二十四日，都兴阿请求辞去督办军务的职务，朝廷没有批准。二十五日，朝廷谕令李鸿章等人妥善商议江北新漕采用河运与海运相结合的运输方式。二十八日，苏州、松江、杭州、嘉兴、湖州等地发生水灾，朝廷进行赈济抚恤。朝廷批准为龙溪乡团中殉难的男女修建祠堂，并赐名“忠义乡”。二十九日，朝廷谕令崇实等人查办酉阳教案。
九月初二，同治皇帝亲自护送咸丰皇帝的灵柩前往定陵安葬，并命肃亲王华丰等人留守京城处理政务。长乐的贼军献城向广东官军投降。初四，朝廷免除定陵奉安所经地方的田赋。初六，由于捻军首领张总愚以及赖文光、任柱等人率领的捻军在河南、山东一带流窜，朝廷命令李鸿章参与联合围剿，同时任命吴棠暂代两江总督，李宗羲暂代漕运总督，命曾国藩仍驻扎徐州。初七，朝廷允许招商开办云南铜厂。初八，朝廷调遣江南的炮船前往山西，教习河防地区的军队水战技巧。初十，好水川的回民归降朝廷。官军成功解除南阳之围，但陶茂林的军队再次溃散。十二日，官军收复镇平。十四日，雷正绾军中的将领胡大贵、雷恒叛变，包围泾州，提督周显承率军将其击退。马化龙与胡大贵等人分别窜入陕西境内。朝廷授予张之万河东河道总督一职。十七日，同治皇帝侍奉两宫皇太后启程返回京城。粤匪进犯龙南，刘坤一前往赣州督率军队进行围剿。二十二日，咸丰皇帝和皇后的神位升祔太庙，次日，朝廷颁布诏书，对天下实行普遍的恩泽。二十三日，朝廷革除甘肃提督陶茂林的职务，任命曹克忠接替，同时逮捕治罪总兵陶生林等人。左宗棠推辞节制三省军务的任命，朝廷没有批准。这个秋天，朝廷免除了陕西孝义、浙江兰溪等地因战乱受扰拖欠的赋税。
冬十月初一，藏兵成功攻克瞻对。回民匪军进犯庆阳，被官军击退。初二，朝廷与比利时签订条约。初三，朝廷任命徐继畬以三品京堂的身份在总理各国事务衙门任职。同时，朝廷命令廓尔喀的例贡推迟到六年后一并进献。初九，朝廷减少浙江漕米和南米的浮收数量。十一日，粤匪攻陷和平。十四日，王榕吉上奏称潞盐销售不畅，请求分别停止或减少续加的课票，朝廷商议后决定施行。十六日，回民匪军包围巩昌、宁远。十八日，浙江官军攻克南田的贼军堡垒。二十日，朝廷任命刘蓉暂代陕西巡抚。二十一日，因神位升祔太庙的礼仪完成，朝廷举行祫祭太庙的仪式。醇亲王请求辞去八旗练兵的职务，朝廷谕令他继续负责稽查校阅，督促军队勤加训练。二十三日，马贼逼近奉天，官军作战失利。二十九日，朝廷命令福兴统领吉林、黑龙江的马队以及神机营的军队前往围剿。三十日，朝廷释放绵性。
十一月初二，赖文光、任柱率领的捻军窜至舞阳、郾城，与张总愚的部队会合，朝廷谕令湖北、河南的军队联合进行夹击。初五，朝廷减少征收苏州、松江、常州、镇江、太仓地区的米豆，共计五十四万多石。十一日，奉天官军在围剿马贼时失利。李棠阶去世。朝廷任命李鸿藻在军机大臣上学习行走。湖北巡抚郑敦谨入京担任户部侍郎，由李鹤年接替湖北巡抚一职。十四日，朝廷惩治不服从主将命令的行为，成保被判处斩首，郭宝昌被发配新疆。十五日，奉天匪首徐点在广宁再次反叛。十九日，粤匪攻陷嘉应。巩昌之围得以解除。二十五日，官军在济木萨作战失利，恒颐战死。二十六日，朝廷谕令刘长佑驻扎在边境险要之地，督率军队围剿马贼。二十八日，四川官军成功平定松潘的番贼叛乱。贵州匪军进犯叙永、綦江。二十九日，朝廷命令左宗棠亲自前往嘉应督战。
十二月初一，曾国藩将军队转移至周家口。朝廷允许明绪派遣荣全前往俄国借兵借粮。初三，贵州匪军攻陷清镇县城，但很快又被收复。朝廷任命周达武为贵州提督。初四，联捷因贪污扰民，被撤去帮办军务的职务，以侍卫身份编入成禄的军队。初八，黎献的军队在肃州溃散。初十，马贼回窜昌图。朝廷批准户部的奏请，调拨盐课等款项，为内廷增加三十万两的费用。十一日，热河官军收复朝阳。十二日，朝廷命令伯彦讷谟祜返回本旗，会合各盟长征调蒙古军队协助围剿马贼，同时任命文麟为哈密办事大臣。十四日，瞻对的叛乱首领工布朗结等人被处死，三瞻地区均归达赖管理。十五日，金州的匪军假意投降后，窜至铁岭，朝廷命令文祥等人负责办理奉天的防守事务。二十一日，因降雪迟迟未至，朝廷下诏清理积压案件，掩埋暴露在外的骸骨。二十四日，恩合因贻误军事被革职。提督成大吉的军队在麻城溃散。二十五日，广东官军联合收复越南的宁海府城。朝廷调任都兴阿为盛京将军，命令穆图善督办甘肃军务，接管都兴阿所部各军。二十九日，同治皇帝驾临保和殿，赐宴前来朝贺新年的外藩使臣，此后每年均如此。云南官军收复丽江、鹤庆。
这一年冬天，朝廷免除了四川松潘、湖南茶陵等厅州县因战乱受扰拖欠的赋税。